Towards predictive spatiotemporal modeling of single cells
主講人：邱肖杰
時(shí)間：8月22日 15:00（星期二）
地點(diǎn)：E228
主持人：彭廣敦 研究員
主講人簡(jiǎn)介：
邱肖杰博士是斯坦福大學(xué)遺傳學(xué)系、BASE項(xiàng)目和計(jì)算機(jī)科學(xué)系即將到任的助理教授。邱肖杰2013-2018年在華盛頓大學(xué)與Cole Trapnell博士實(shí)驗(yàn)室做博士期間，在單細(xì)胞基因組學(xué)領(lǐng)域做出了重要貢獻(xiàn)，其中最典型的是開(kāi)發(fā)了能夠準(zhǔn)確且穩(wěn)健地從scRNA-seq數(shù)據(jù)中重建復(fù)雜發(fā)育軌跡的Monocle 2和Monocle 3。2018年至今在Jonathan Weissman博士實(shí)驗(yàn)室做博士后，期間開(kāi)發(fā)了Dynamo（aristoteleo/dynamo-release），利用代謝標(biāo)記使單細(xì)胞RNA-seq能夠推斷絕對(duì)RNA速度，重構(gòu)連續(xù)的向量場(chǎng)以預(yù)測(cè)單個(gè)細(xì)胞的命運(yùn)，利用微分幾何提取潛在的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)制，并最終預(yù)測(cè)最優(yōu)重編程路徑，實(shí)現(xiàn)精確的Perturb-seq中擾動(dòng)預(yù)測(cè)。最近，他還開(kāi)發(fā)了一個(gè)強(qiáng)大的工具包Spateo（aristoteleo/spateo-release），用于高級(jí)多維時(shí)空建模，實(shí)現(xiàn)了單細(xì)胞分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)。Spateo提供了一種新方法來(lái)處理細(xì)胞間的互作，以揭示生態(tài)因子和細(xì)胞類型特異性配體-受體相互作用的空間效應(yīng)。此外，Spateo重構(gòu)了整個(gè)胚胎的3D模型，并進(jìn)行了3D形態(tài)計(jì)量分析，Spateo引入了細(xì)胞遷移的“形態(tài)向量場(chǎng)”概念，整合了空間微分幾何，以揭示果蠅各種器官發(fā)生模式背后的調(diào)控程序。
